数字化基因表达谱测序知多少

一、什么是数字化基因表达谱？

数字化基因表达谱（Digital Gene Expression Profiling,DGE）利用新一代高通量测序技术和高性能计算分析技术，能够全面、经济、快速地定量检测某一物种特定组织或发育时期的基因表达种类和丰度信息，具有定量更准确、可重复性更高、检测范围更广、分析更可靠等特点，可广泛应用于生理调控、农业性状、生物标记、环境改造、疾病机制和药物筛选等多个领域。本公司可根据客户需求，灵活选择合适的测序深度，以达到对不同丰度转录本的检测要求。

二、技术优势：

1、数字化信号：测序直接获得每个基因的特异表达标签序列，无背景噪音，无交叉杂交；可鉴别序列间单个碱基的差异；通过计数表达标签序列的数目来确定该基因的表达量，大大提高了定量分析的准确度；

2、高通量：一次测序得到1000万条以上的序列；

3、检测阈值宽：跨越6个数量级的宽检测阈值，从几个到数十万个拷贝精确计数；

4、良好的重复性：深度测序保证了抽样随机性，不同批次的表达谱度量准确，无需重复实验，能够更准确的进行差异表达分析；

5、定量更准确：使用RPKM方法计算基因表达水平。

三、样品要求：

样品类型：去蛋白并进行DNase处理后的完整总RNA；

样品需求量（一次建库量）：人、小鼠、大鼠样品：≥2 μg， 其他类型样品：≥2 μg ；样品浓度：人、小鼠、大鼠样品：≥80 ng/μl，其他类型样品：≥200 ng/μl ；

样品纯度：动物样本：RIN ≥ 7.0，28S:18S≥1.0，植物样本：RIN ≥ 6.5，OD260/280≥1.8，OD260/230≥1.8，28S:18S≥1.0，昆虫样本无此要求。

四、成功案例：

【案例一】：通过对转基因水稻与非转基因水稻正常条件及干旱胁迫处理的材料进行表达谱测序，发现光合作用、碳固定、氧化还原等相关基因在转基因水稻中上调表达，从基因表达水平验证了产量和耐旱性提高，根系发达、光合速率提高等性状变化；

【案例二】：通过对凝血素处理的人肺微血管内皮细胞与对照组进行表达谱测序，结果获得了10个最显著上下调的基因；

五、参考文献：

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[1]Yu L, Chen X, Wang Z, et al. Arabidopsis Enhanced Drought Tolerance1/HOMEODOMAIN GLABROUS11 Confers Drought Tolerance in Transgenic Rice without Yield Penalty[J]. Plant Physiology, 2013, 162(3): 1378-1391.

[2] Qi X H, Xu X W, Lin X J, et al. Identification of differentially expressed genes in cucumber (Cucumis sativus L.) root under waterlogging stress by digital gene expression profile[J].Genomics, 2012, 99(3): 160-168.

[3]Hideo Matsumura, et al. High-throughput superSAGE for digital gene expression analysis of multiple samples using next generation sequencing. PLoS ONE. 2010, August.Vol.5:e1 2010.

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